Należał też do powstałego w grudniu 1988 Komitetu Obywatelskiego przy Lechu Wałęsie, uczestniczył po stronie opozycyjnej w obradach Okrągłego Stołu, wchodząc w skład zespołu ds. gospodarki i polityki społecznejOkrągły Stół. Kto jest kim, wyd. Myśl, Warszawa 1989, s. 10.. Stał na czele zespołu związanych z OKP ekonomistów, który opracował program gospodarczy alternatywny wobec planu Balcerowicza. Janusz Beksiak był później doradcą premiera Jana Krzysztofa Bieleckiego.
W 1990 został jednym z laureatów pierwszej edycji Nagrody Kisiela.
Był żonaty z Joanną Papuzińską. Zmarł 25 lipca 2014, został pochowany w kolumbarium na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera 29B, kolumbarium, rząd 9, grób 1).
Wybrane publikacje Książki Problemy rachunku ekonomicznego spółdzielni produkcyjnych, PWRiL, Warszawa 1961 Wzrost gospodarczy i niepodzielność inwestycji. Zmiany w planach perspektywicznych, PWN, Warszawa 1965 Zarys teorii gospodarki socjalistycznej, pr. zb. pod red. A. Wakara, współautor, PWN, Warszawa 1965 Matematyka w radzieckiej ekonomii, Książka i Wiedza, Warszawa 1966 Teoria handlu socjalistycznego, pr. zb. pod red. A. Wakara, współautor, PWN, Warszawa 1966 Równowaga gospodarcza w socjalizmie, współautor U. Libura PWN, Warszawa 1969 (wyd. II w 1972, wyd. III w 1974) Teoria pieniądza w gospodarce socjalistycznej, pr. zb.