W 1952 uzyskał licencjat z teologii pod kierownictwem Jèrôme Hammera, za pracę Le Surnaturel chez Henri de Lubac (Nadprzyrodzoność u Henri de Lubaca). Następnie studiował na Papieskim Uniwersytecie Angelicum uzyskując doktorat z teologii. Jego praca, którą napisał pod kierunkiem Louis-Bertrand Gillona była studium nad średniowieczną teologią nadziei, zatytułowaną: La nature vertueuse de l’espérance: de Pierre Lombard à St. Thomas d’Aquin (Nadzieja jako cnota: od Piotra Lombarda do św. Tomasza z Akwinu, 1954). Tam też opiekował się rocznikiem Reginalda Garrigou-Lagrange, Paula Philippe i Mario Luigi Ciappi. Po ukończonych studiach wrócił do dominikańskiego studium w La Sarte jako wykładowca teologii moralnej w latach 1954–1965.

W czasie pobytu w La Sarte Pinckaers podjął się po raz pierwszy dzieła odnowy współczesnego rozumienia teologii moralnej zapowiadanego przez Sobór watykański II. Owocem tych badań były artykuły publikowane w różnych miejscach, a następnie wydane razem w jego przełomowych studiach: Le renouveau de la morale (1964;