Od tego czasu w zasadzie zaczyna się współczesna historia wsi i historia sanktuarium.
Podobnie jak losy wsi, układały się także losy tutejszej świątyni. W 1415 r. zakładając parafię św. Doroty kościół pod jej wezwaniem ufundował biskup Andrzej Łaskarz. Szwedzi, którzy 1655 r. najechali Licheń i wybili mieszkańców wsi, nie oszczędzili także świątyni. Źródła mówią o gruntownym remoncie drewnianego kościoła w 1728 r. Kościół ten rozebrano w 1800 r. i postawiono na jego miejscu nowy. Dziedzicem wsi Licheń był wówczas hrabia Łącki. W 1819 r. Licheń wraz z parafią należał do rodu Kwileckich. Świątynia już wówczas wydawała się zbyt mała i hrabina Izabela Kwilecka planowała zbudowanie większego kościoła murowanego, a kamień węgielny pod budowę obecnego neogotyckiego kościoła św. Doroty położyła w 1845 r. Zubożenie mieszkańców parafii jednak nie sprzyjało budowie. Przyspieszyły ją dopiero późniejsze wydarzenia, mające swoją genezę w 1813 r., kiedy to objawień doznał pod Lipskiem ranny w bitwie Tomasz Kłossowski. Odnalazł on po 23 latach pielgrzymek i poszukiwań obraz zgodny z wizją i w 1844 zawiesił go w lesie. Kłossowski zmarł w 1848 r., a w latach 1850–1852 podobne objawienia miał pasterz Mikołaj Sikatka. Według relacji Sikatki, Maryja prosiła o modlitwę różańcową i dała nadzieję na czas zarazy. W 1852 r. nadeszła epidemia cholery.