Następca PlayStation, konsola Sony PlayStation 2, doczekała się trzech części głównych, w tym jednej gry MMORPG. Tytuł z roku 2001, Final Fantasy X to pierwsza gra w serii w której zastosowano pełny dubbing oraz pomieszczenia i inne obszary w pełnym 3D. Jest to też pierwsza gra, która doczekała się grywalnego sequela (Final Fantasy X-2). Pierwsza gra MMORPG z serii, Final Fantasy XI została wydana w roku 2002 na PS2 i PC, a później też na Xbox 360. Dwunastą część opublikowano w roku 2006 i jest to pierwsza gra z serii głównej, w którym wykorzystano świat z innej gry – świat Ivalice, w którym dzieje się akcja także serii Final Fantasy Tactics, gry Vagrant Story oraz sequelu „dwunastki” – Final Fantasy XII: Revenant Wings.
Sequele i serie poboczne Final Fantasy dało początek wielu spin-offom, z których niektóre rozwinęły się w rozbudowane serie.
Część gier, aby wykorzystać popularność serii w Ameryce Północnej zostało tam przemianowane ze swych oryginalnych tytułów na zawierające w nazwie Final Fantasy. Do tych gier należy seria SaGa, której trzy pierwsze części wydano jako The Final Fantasy Legend, Final Fantasy Legend II oraz Final Fantasy Legend III.