Natomiast tego wielkiego lemura porównywano do wymarłych olbrzymich leniwców naziemnych obu Ameryk.
Filogeneza Archaeoindris i jego najbliższych krewnych
Archaeoindris był najbliżej spokrewniony z Palaeopropithecus, rodzajem, do którego zaliczał się drugi co do wielkości przedstawiciel Palaeopropithecidae, wyspecjalizowany w bytowaniu w środowisku nadrzewnym (suspensory behavior). Cechy szkieletu pozaczaszkowego wskazują na Babakotia jako najbliższego krewnego kladu złożonego z tych dwóch rodzajów, kolejną grupę zewnętrzną stanowi zaś Mesopropithecus, najmniejszy z Palaeopropithecidae.
Wszystkie 4 rodzaje tworzą grupę siostrzaną rodziny indrisowatych, obejmującą indrisa, Propithecus i Avahi. Pokrewieństwo to wspierają dane morfologiczne, rozwojowe i molekularne. W skład tego kladu wchodzą także Archaeolemuridae. Cechy zębów, jak morfologia trzonowców i modyfikacja ilości zębów tworzących grzebień zębowy – wyspecjalizowaną strukturę na przedzie jamy ustnej, zasugerowały, że Archaeolemuridae mogą być blisko spokrewnione z lemurowatymi, grupą obejmującą 5 rodzajów, a wśród gatunków kattę. Badania molekularne wsparły silnie tezę umieszczającą Archaeolemuridae w kladzie z Palaeopropithecidae i indrisowatymi.