Następnie użytkownik, uzyskawszy już pliki Makefile, wywołuje polecenie make, aby skompilować program.
Oto uproszczony schemat działania:
configure.ac + aclocal → aclocal.m4 configure.ac + aclocal.m4 + autoconf → configure configure.ac + aclocal.m4 + autoheader → config.h.in configure.ac + aclocal.m4 + Makefile.am → Makefile.in configure + config.h.in + Makefile.in → Makefile + config.h make + Makefile + pustak.c → pustak.o → pustak
(narzędzia aclocal i automake są częściami pakietu Automake, ale rozważa się przeniesienie aclocal do Autoconf).
Przykład Przykładowy plik configure.in, dla programu Pustak: dnl Komentarz, ignorowany przez program AC_INIT([Pustak], [0.1], [[email protected]], [pustak], <ref>http://example.org/pustak/</ref>) AC_CONFIG_HEADERS([config.h]) AC_CONFIG_SRCDIR([src/pustak.c]) dnl Jeśli używamy Automake: AC_CONFIG_AUX_DIR([build-aux]) dnl W folderze build-aux automake umieści skrypty pomocnicze AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4]) dnl W folderze m4 Libtool, Gnulib i Gettext umieszczą repozytorium makr AM_INIT_AUTOMAKE dnl Jeśli używamy Libtool: LT_INIT