Podczas manewrów wojsk stacjonujących na Podolu, na zamku przebywali carowie Rosji: Mikołaj I Romanow i Aleksander II Romanow.
Później jego mury mieściły szkołę powiatową, w której nauki pobierał Leonard Sowiński. Napisał on:
19 sierpnia 2023, w czasie inwazji Rosji na Ukrainę, w efekcie rosyjskiego ataku dronów doszło do zniszczeń na terenie obiektu. Fala uderzeniowa spowodowała uszkodzenia m.in. dachu Wieży Rycerskiej oraz okien i drzwi mieszczącego się na zamku muzeum.
Architektura thumb|left|Cerkiew Świętego Mikołaja i ruiny pałacu. Widok z Wieży Rycerskiej thumb|left|Zamek Sieniawskich w Międzybożu, w którym Sieniawski bronił się przed Tatarami w 1566 Z inicjatywy Mikołaj Sieniawskiego nastąpiła rozbudowa wcześniejszego zamku, której celem było polepszenie walorów obronnych. Zbudowano mury z cegły i kamienia o wysokości kilkunastu metrów. Wzniesiono również pałac z attyką w stylu renesansowym oraz 3 wieże wspomagające obronę murów. Obronę zamku od wschodu wzmacniała przystosowana do użycia broni palnej wielka basteja w kształcie czwórliścia.
W latach 1581–1586 Rafał Sieniawski, kasztelan kamieniecki, wybudował w zamku kaplicę, w której posługa parafialna odbywała się do 1632 r. W XVIII w. kaplicę przerobiono na cerkiew i ozdobiono w stylu bizantyjskim.