W filmie pokazano również domy rodzinne dwóch głównych bohaterów.
Druga część, którą rozpoczyna aresztowanie „Rudego” i jego ojca przez Gestapo, to film akcji: przygotowania do operacji odbicia Bytnara, pierwsza próba odbicia podjęta 23 marca 1943, uwolnienie „Rudego” i pozostałych więźniów pod Arsenałem 26 marca, a także odwet Niemców – nocna egzekucja 140 Polaków i Żydów na dziedzińcu Pawiaka.
Ostatnia część „Kamieni na szaniec” to obraz psychologiczny, w którym po śmierci przyjaciela i kolegów „Zośka” przeżywa konflikt wewnętrzny.
Film nie jest wierną ekranizacją książki Aleksandra Kamińskiego. Było to celowe zamierzenie Roberta Glińskiego, który skupił się na przedstawieniu wątku przyjaźni i braterstwa. Chciał on również „odbrązowić” książkowe postacie-legendy i przybliżyć je ich współczesnym rówieśnikom. Stąd też bohaterowie filmu zachowują się często jak zbuntowani młodzi ludzie. Przejawia się to m.in. w scenach konfliktów, w podważaniu autorytetu dowódców czy też w braku dyscypliny konspiracyjnej. Nie są urodzonymi bohaterami. Początkowo traktują „mały sabotaż” jak przygodę, robią sobie kawały, opowiadają dowcipy i spotykają z dziewczynami. Pokazano także ich rozterki i wątpliwości moralne dotyczące zabijania.