Opis obrazu Święty Franciszek medytujący to trzeci obok Świętego Franciszka pogrążonego w modlitwie i Portretu świętego Franciszka wariant Franciszka i jego przepełniającej go wiary w Chrystusa. Główny nacisk artysta stawia na światło z którym eksperymentuje i na sposób wyrażenia uczuć świętego. Franciszek przedstawiony jest w pozycji stojącej, lekko pochylonej. Ma wychudzoną twarz o mocnych zarysowanych policzkach i nosie. Wzrok ma szklisty skierowany na krucyfiks. Tradycyjnie jego postać jest nieproporcjonalnie wielka w stosunku do jego głowy. Habit dodatkowo powiększa ją. Również dłonie, a zwłaszcza palce, są wyjątkowo wydłużone. Prawą dłoń Franciszek przyciska na piersi niejako wskazując na swoją skromną osobę; lewa dłoń wskazuje na czaszkę, symbol ludzkiej śmiertelności. Tak jak w innych wersjach Franciszek ukazany został na skraju jaskini; kawałek zachmurzonego nieba widoczne jest w lewym górnym rogu.