Po abdykacji cara Mikołaja II pozostał przy rodzinie carskiej i towarzyszył jej podczas więzienia przez bolszewików. 17 lipca 1918 został zamordowany w Jekaterynburgu razem z rodziną cara i towarzyszącymi im osobami. W 1981 został uznany za świętego przez Rosyjski Kościół Prawosławny poza granicami Rosji. 6 lutego 2016 kanonizował go również Rosyjski Kościół Prawosławny, nadając mu, podobnie jak Romanowom, tytuł świętego cierpiętnika. Uroczystość odbyła się w Jekaterynburgu, w cerkwi Wszystkich Świętych Ziemi Ruskiej zwanej Cerkwią na Krwi, usytuowanej na miejscu zamordowania Mikołaja II, jego rodziny i służących.
Był odznaczony: Orderem św. Włodzimierza II i III klasy, Orderem św. Anny II klasy, Orderem św. Stanisława III klasy oraz serbskim Orderem św. Sawy II klasy.
Rodzina Brat Piotr Sergiejewicz Botkin.
Żona Olga Władimirowna, rozwód w 1910 roku.
Pięcioro dzieci:
Sergiej Zmarł w wieku sześciu miesięcyМельник-Боткина Т.Е. Воспоминания о царской семье. М. Захаров, 2009 r., 132 str. (ros.)..
Dmitrij Chorąży pułku kozackiego. Zginął 3 grudnia 1914 podczas I wojny światowej, kiedy osłaniał odwrót kozackiego patrolu zwiadowczego.