Następnie ulokowano tam szkołę Hitlerjugend dla dzieci niemieckich, których rodzice zostali uznani za wrogów Rzeszy.
Lata powojenne Budynek szkoły przetrwał wojnę, choć został zaminowany przez Niemców, ale nie wysadzony i w roku 1945 szkoła wznowiła działalność, dyrektorem został ponownie Witold Wołosewicz. W lipcu 1945 r. zastąpił go Franciszek Ludwiński, który wcześniej 5 lat był więźniem obozu koncentracyjnego w Mauthausen-Gusen. W lutym 1945, niedługo po wyzwoleniu Augustowa, młodzież pod kierunkiem nauczycielki Heleny Mikołajewskiej przystąpiła do porządkowania gmachu szkoły, zaś w kwietniu wznowiono zajęcia szkolne, początkowo w czterech klasach gimnazjum. Dwie klasy licealne powstały w roku szkolnym 1945/1946. W latach 1945–1948 szkoła się rozwijała, działały w niej zespoły artystyczne - teatralny i taneczny oraz organizacje takie jak PCK, ZHP, ZWM i SP. W czerwcu 1946 r. szkołę ukończyli pierwsi powojenni maturzyści. W 1947 dyrektorem został Ludwik Jaworski.