27 marca 1832 został wyświęcony na biskupa saratowskiego i carycyńskiego. Jako biskup saratowski w zdecydowany sposób zwalczał staroobrzędowców i wywodzące się z tego ruchu sekty. W okresie sprawowania przez niego urzędu (do 1847) 18 925 staroobrzędowców zostało przyjętych do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Biskup Jakub otworzył także niższe szkoły duchowne w Bałaszowie, Nikołajowie i Wolsku, zainicjował budowę 94 nowych cerkwi i wzniósł nową rezydencję biskupią w Saratowie.
W 1847 został przeniesiony na katedrę niżnonowogrodzką. Wyremontował Pieczerski Monaster Wniebowstąpienia Pańskiego w Niżnym Nowogrodzie, w nim też na stałe zamieszkał, osiedlając się w zwykłej celi mniszej. W oczach współczesnych prowadził ascetyczny tryb życia, zachowując całkowity post w pierwszym tygodniu Wielkiego Postu oraz w Wielki Tydzień, wspólnie z mnichami biorąc udział w modlitwach za zmarłych, których imiona zapisano w synodyku monasterskim.