Po powrocie, w 1884, został zakwalifikowany przez komisję medyczną jako niezdolny do dalszej służby. Zgłosił się jako wolontariusz do pracy w nowo powstałym Naval War College, którego komendantem był jego dawny dowódca, komodor Luce. W roku następnym został przezeń poproszony o zaadaptowanie do potrzeb amerykańskiej marynarki idei gier wojennych, rozwijanej w Wielkiej Brytanii przez admirała Philipa Colomba. W 1886 roku metoda została opracowana i przedstawiona oficjalnie przez McCarty’ego Little’a, a przez kolejne lata udoskonalona i wprowadzona jako stały element szkolenia wyższych oficerów US Navy.
Od 1891 nadzorował i koordynował z Hiszpanami budowę replik statków Kolumba dla potrzeb World’s Columbian Exposition w Chicago w 1893. W kolejnych latach, obok obowiązków na uczelni, pełnił także funkcje komendanta milicji stanu Rhode Island oraz zastępcy komendanta Newport Naval Training Station. W 1903, decyzją Kongresu, został awansowany ze stopnia porucznika od razu na stopień komandora. W stan spoczynku przeszedł w styczniu 1915, zmarł dwa miesiące później.