Każdy zespół w fazie grupowej rozegrał 22 mecze z każdym z rywali mierząc się dwukrotnie - raz jako gospodarz i raz jako gość. Po zakończeniu spotkań grupowych dwie najlepsze drużyny z każdej grupy awansowały do ćwierćfinałów, z kolei dwie najgorsze otrzymały status drużyny spadkowej i nie mogły uczestniczyć w rozgrywkach Centralnej Ligi Juniorów w kolejnym sezonie. Spotkania fazy pucharowej CLJ (ćwierćfinały, półfinały i finał) były rozgrywane w systemie mecz i rewanż.
Mecze Centralnej Ligi Juniorów odbyły się na płytach głównych, jedynie w przypadku klubów występujących w Ekstraklasie, I lidze i II lidze dopuszczono rozgrywanie spotkań na trawiastych boiskach treningowych pierwszego zespołu. W czasie meczów Centralnej Ligi Juniorów każdy klub był zobowiązany do wystawiania co najmniej trzech zawodników urodzonych w 1996 roku i później. W przypadku kontuzji młodszego piłkarza i braku możliwości zastąpienia go innym młodzieżowcem, drużyna musiała kontynuować grę w osłabieniu.