zastąpił Johnny’ego Mize’a po tym jak ten został usunięty z boiska.
W 1944 r. został grającym menadżerem Trenton Packers, w 1945 r. pełnił tę funkcję w Nashua Dodgers, zaś w kolejnym sezonie prowadził Pueblo Dodgers. W latach 1948–1953 był menadżerem klubów farmerskich Dodgers, reprezentujących najwyższy poziom NAPBL Triple-A, notując bilans zwycięstw i porażek 544–373. W 1954 r. podpisał początkowo roczny kontrakt z Brooklyn Dodgers, z którym rok później zdobył pierwszy w historii klubu tytuł mistrzowski.
Alston był menadżerem Dodgers do 1976 r., prowadząc zespół do zwycięstwa w World Series jeszcze trzykrotnie, w latach: 1959, 1963 i 1965. 17 lipca 1976 r. został piątym menadżerem w historii MLB, który osiągnął pułap 2000 zwycięstw. 28 września 1976 r. w meczu przeciwko Houston Astros poprowadził zespół po raz ostatni. Jego następcą został ówczesny trener trzeciej bazy Tommy Lasorda, który był menadżerem Dodgers przez następne 20 sezonów. W 1983 został wybrany do Galerii Sław Baseballu.