Po wybuchu II wojny światowej skierowany do Ośrodka Zapasowego 24 Dywizji Piechoty. 13 września 1939 mianowany podporucznikiem piechoty ze starszeństwem z dniem 1 września 1939. Podczas kampanii wrześniowej wzięty do niewoli przez Niemców zbiegł pod koniec tego samego miesiąca. Po napaści ZSRR na Polskę we wrześniu 1939, w Siankach aresztowany przez Sowietów około 18 listopada podczas przekraczania granicy z Węgrami, dokąd wyruszył 15 listopada. Więziony w Skolem, a potem w Winnicy. Zamordowany w więzieniu NKWD w Kijowie przy ul. Karolenkiwskiej 17 w 1940. Jego nazwisko wymienia tzw. Ukraińska Lista Katyńska. Został pochowany na otwartym w 2012 Polskim Cmentarzu Wojennym w Kijowie-Bykowni.
Upamiętnienie Podczas „Jubileuszowego Zjazdu Koleżeńskiego b. Wychowanków Gimnazjum Męskiego w Sanoku w 70-lecie pierwszej Matury” 21 czerwca 1958 jego nazwisko zostało wymienione w apelu poległych w obronie Ojczyzny w latach 1939-1945 oraz na ustanowionej w budynku gimnazjum tablicy pamiątkowej poświęconej poległym i pomordowanym absolwentom gimnazjum (wskazany w gronie poległych w walkach 1939 r..
W 1962 Jerzy Albert został upamiętniony wśród innych osób wymienionych na jednej z tablic Mauzoleum Ofiar II Wojny Światowej na obecnym Cmentarzu Centralnym w Sanoku.