W związku z tą działalnością w listopadzie 1946 został ponownie aresztowany, w czasie śledztwa był poddawany torturom, po czym, na mocy amnestii z 22 lutego 1947, odzyskał wolność w połowie czerwca 1947, bez przeprowadzonej rozprawy sądowej. 27 lipca 1952Aresztowanie od lipca 1952 podawał w swoim życiorysie sam pułkownik Żyłka-Żebracki. Inne źródło jako czas aresztowania wskazało wrzesień 1952 jako czas aresztowania. został po raz kolejny aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa. Zarzutem była przynależność do nielegalnej organizacji „Dzwon”, a w wyniku procesu sądowego, 30 września 1953 wyrokiem Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie został skazany na karę 12 lat pozbawienia wolności, pozbawienie praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na okres 5 lat oraz przepadek mienia. Był osadzony w zakładach karnych Warszawa-Mokotów, Wronki i Barczewo. W wyniku kolejnej amnestii warunkowo wyszedł na wolność 7 listopada 1956Osadzenie do listopada 1956 podawał w swoim życiorysie sam pułkownik Żyłka-Żebracki. Inne źródło wskazało datę odzyskania wolności 27 kwietnia 1956., po czym w 1957 został prawnie zrehabilitowany. 27 lipca 1970 został znów aresztowany, tym razem pod zarzutem przynależności do organizacji „Ruch”.