Biskup Jan sprzeciwiał się prowadzonej przez władze estońskie estonizacji Kościoła prawosławnego, bronił użycia języka cerkiewnosłowiańskiego w liturgii. Gdy metropolita estoński Aleksander razem z całym Synodem jednostronnie wystąpił z jurysdykcji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i przyjął zwierzchność Patriarchatu Konstantynopola, biskup Jan odmówił podporządkowania się tej decyzji. W rezultacie został pozbawiony katedry biskupiej, a 16 czerwca 1932 – także godności przełożonego monasteru Pskowsko-Pieczerskiego. Przeniesiono go na katedrę narewską, w ramach której opiekowałby się parafiami etnicznie rosyjskimi w Estonii, jednak hierarcha nie przyjął urzędu (wiązałby się on z uznaniem jurysdykcji Konstantynopola). W rezultacie w listopadzie 1932 został administracyjnie wysiedlony z monasteru Pskowsko-Pieczerskiego, zaś w końcu roku wykluczono go z kleru Cerkwi Estońskiej. Mimo protestów miejscowych wiernych został faktycznie przeniesiony w stan spoczynku z wyznaczoną emeryturą.