Kariera menedżerska W 2006 został menadżerem Florida Marlins, jednak po zakończeniu sezonu został zwolniony z tego stanowiska, mimo iż został wybrany menadżerem sezonu w National League. Od października 2007 pełni tę funkcję w New York Yankees. W sezonie 2009 Yankees zdobyli 27. w historii klubu mistrzowski tytuł po pokonaniu w World Series Philadelphia Phillies 4–2. W październiku 2013 podpisał nowy, czteroletni kontrakt z Yankees. W październiku 2017, po przegranych przez Yankees American League Championship Series z Houston Astros, zarząd klubu poinformował, iż kontrakt z Girardim nie zostanie przedłużony.
26 października 2019 został menadżerem Philadelphia Phillies.
Nagrody i wyróżnienia Nagroda/wyróżnienieLataŹródło NL Manager of the Year 2006 All-Star 20003× zwycięzca w World Series jako zawodnik1996, 1998, 1999 Zwycięzca w World Series jako menadżer 2009
Statystyki menadżerskie Stan na koniec sezonu 2017 SezonKlubLigaMeczeZwycięstwaPorażkiProc. zw.