Historia Bagna są na tym terenie od 6000 do 8000 lat. Ludność tubylcza pojawiła się na tym terenie około 2500 lat p.n.e.. Była to ludność z kultury Deptford, Swift Creek oraz kultury Weeden Island. Ostatnim plemieniem, które traktowało Okefenokee jako swoje terytorium byli Indianie Seminole. Wojska amerykańskie dowodzone przez generała Charlesa R. Floyda w czasie drugiej wojny z Seminolami w latach 1838–1842 pokonały miejscową ludność.
W 1891 roku firma The Suwanee Canal Company kupiła około 100 km² bagien Okefenokee, aby je osuszyć i przeznaczyć pod uprawę ryżu, trzciny cukrowej i bawełny. Kiedy jednak ze względu na trudności z osuszeniem idea upadła, aby zrekompensować straty firma zaczęła przygotowywać teren do przemysłowego pozyskiwania drewna, które miało być źródłem przychodu. W ramach przygotowań kapitan Henry Jackson ze swoimi ludźmi spędzili trzy lata kopiąc kanał Suwannee (Suwannee Canal), ciągnący się 18,5 km w głąb bagien.