Przedmiotem prac Komisji są zagadnienia podnoszone przez stronę kościelną i rządową, w szczególności zaś: regulowanie statusu prawnego Kościołów członkowskich PRE, rewindykacja mienia kościelnego, projektowana przez rząd reforma finansowania związków wyznaniowych, nauka religii w szkołach publicznych, warunki działalności Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie, niektóre aspekty polityki zagranicznej państwa.
W 2013 członkami Komisji byli: po stronie rządowej: Stanisław Huskowski - sekretarz stanu w Ministerstwie Administracji i Cyfryzacji (współprzewodniczący Komisji); Daria Lipińska-Nałęcz - podsekretarz stanu w Ministerstwie Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Piotr Żuchowski - sekretarz stanu w Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Przemysław Krzyżanowski - podsekretarz stanu w Ministerstwie Edukacji Narodowej, Agnieszka Kozłowska-Rajewicz - sekretarz stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów, Stanisław Chmielewski - sekretarz stanu w Ministerstwie Sprawiedliwości po stronie Polskiej Rady Ekumenicznej: arcybiskup Jeremiasz (Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny) (współprzewodniczący Komisji), pastor Mateusz Wichary (Kościół Chrześcijan Baptystów w RP), biskup Jerzy Samiec (Kościół Ewangelicko-Augsburski w RP), biskup Edward Puślecki (Kościół Ewangelicko-Metodystyczny w RP), biskup Marek Izdebski