Spór między biskupem a duchowieństwem dotyczył także czasu rozpoczynania nabożeństw. Równocześnie arcybiskup Mikołaj doprowadził do powrotu 14 placówek duszpasterskich Żywej Cerkwi w jurysdykcję kanonicznego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W 1931 hierarcha brał udział w pracach Synodu Kościoła.
Masowa kampania antyreligijna na początku lat trzydziestych sprawiła, że ze 115 czynnych cerkwi w 1929 trzy lata później pozostało siedem, a większość zamykanych świątyń wiejskich została całkowicie zniszczona. W marcu 1932 sam arcybiskup został zmuszony do podpisania zobowiązania o pozostaniu w Połocku. W lipcu 1932 miał miejsce jego proces, w którym oskarżono go o kierowanie grupą kontrrewolucyjną, inspirowanie i kierowanie masowymi wystąpieniami w trzech rejonach obwodu połockiego w 1930 oraz o rozpowszechnianie informacji o prześladowaniu duchowieństwa, co łączyło się z wezwaniami do poszukiwania pomocy za granicą. Arcybiskup częściowo przyznał się do winy, stwierdzając, iż faktycznie mówił o złym położeniu kapłanów i wzywał do otwierania nieczynnych cerkwi (co miało związek z wystąpieniami wymienionymi w akcie oskarżenia). Został skazany na zesłanie, jednak w październiku tego samego roku wyrok został zrewidowany.