Okres rzymski Sanktuarium powstało w miejscu, które w czasach Jezusa znajdowało się poza murami Jerozolimy. Na początku I wieku n.e. był to opuszczony kamieniołom, w którym dokonywano egzekucji na skazańcach. Samotna, około 11-metrowa skała zwana była Golgotą ( Golgotha z Gulgalta lub Golgolta, w tłum. ), co oznaczało „czaszkę”, a ściślej – jej wierzchołek. Zgodnie z tradycją żydowską było to miejsce, w którym znajdował się grób biblijnego Adama. Tradycja łączy skałę grobu Adama także z miejscem ofiarowania Izaaka przez Abrahama. Według ewangelistów (Mt 27,33; Mk 15,22; J 19,17; Łk 23,33) na skale Czaszka ukrzyżowany został Jezus Chrystus. Według Nowego Testamentu po zdjęciu z krzyża ciało Jezusa zostało tam pochowane przez jednego z uczniów Jezusa, członka Sanhedrynu – Józefa z Arymatei. Józef „...udał się do Piłata i poprosił o ciało Jezusa. Wówczas Piłat kazał je wydać. Józef zabrał ciało, owinął je w czyste płótno i złożył w swoim nowym grobie, który kazał wykuć w skale. Przed wejściem do grobu zatoczył duży kamień i odszedł”. „A na miejscu, gdzie Go ukrzyżowano, był ogród, w ogrodzie zaś nowy grób, w którym jeszcze nie złożono nikogo” (J 19,41). Grób był nowy i musiał być ulokowany poza murami, bowiem nakaz prawny o którym wspominał Cyceron, zabraniał dokonywania pochówków w obrębie miasta.