W kolejnym dziesięcioleciu niemal wszystkie filmy z jego udziałem były ogromnymi sukcesami kasowymi. Kilka z nich (chociażby Annamalai z 1992, Basha z 1995 i Padayappa z 1999) biło rekordy jeśli chodzi o przynoszone dochody, natomiast Muthu (1995) został zdubbingowany w języku japońskim (1998). Przyczyniło się do powstania prężnej społeczności fanów aktora w Japonii. Ogromny sukces Padayappy miał natomiast związek z pojawiającymi się w nim wątkami politycznymi.
Pierwszy film Rajinikantha w XXI wieku, Baba (2002) nie odniósł sukcesu. Spotkał się ponadto z ostrą krytyką ze strony lidera partii Partali Makkal Katchi (PMK). Oskarżał on Rajinikantha o promowanie używek, a co za tym idzie zły wpływ na młodzież. Kontrowersje wzbudził w szczególności jeden z plakatów promujących film, który ukazywał gwiazdora z papierosem w ustach. Zwolennicy PMK napadali na kina, palili też kopie filmu. Rajinikanth podjął w związku z tym decyzję, że już nigdy nie będzie palił lub pił na ekranie. Zwrócił też pieniądze dystrybutorom filmowym, którzy ponieśli straty z powodu rozprowadzania Baby.