Brał udział w organizacji zamachu stanu w lutym 1963, podczas którego rząd Abd al-Karima Kasima został obalony, a on sam – zamordowany. Władzę w Iraku objęła partia Baas, a Ahmad Hasan al-Bakr został wiceprezydentem kraju; prezydenturę baasiści oddali w ręce bardziej znanego i doświadczonego gen. Abd as-Salama Arifa. Al-Bakr został następnie również premierem. Za jego wiedzą i pod jego kierunkiem partia Baas przeprowadziła zmasowane represje przeciwko innym partiom lewicowym, w szczególności Irackiej Partii Komunistycznej. W ich toku ponad 10 tys. działaczy zostało zamordowanych, a ponad 100 tys. uwięzionych.
Ahmad Hasan al-Bakr zgromadził wokół siebie grupę zwolenników wywodzących się, podobnie jak on sam, z Tikritu. W organizacji szybko doszło jednak do wewnętrznego konfliktu między frakcją radykalną, której przewodził Ali Salih as-Sadi, a stronnictwem umiarkowanym, do którego należał al-Bakr. Wewnętrzne spory w partii wykorzystał gen. Abd as-Salam Arif, przeprowadzając kolejny przewrót i przejmując całą władzę w swoje ręce. Al-Bakr, podobnie jak inni czołowi baasiści, stracił stanowisko.