Przełom XVI i XVII wieku był dla parafii okresem kryzysu. Przez długi czas Jazowsko nie posiadało plebana, czego przyczyną mogło być zbyt szczupłe uposażenie lub jego rabunek przez patronów. Przez pewien czas parafia znajdowała się w rękach protestantów. Dopiero objęcie funkcji proboszcza przez ks. Teodora Tekstorisa (1617) zahamowało stopniowy upadek parafii. Powstanie parafialnego archiwum jest datowane na rok 1680. Od tego roku prowadzona jest także Kronika Parafialna (tzw. liber memorabilium). Z kolei księgi metrykalne są prowadzone od 1700 roku.
W 1696 roku funkcję proboszcza objął ks. Jan Owsiński, potomek miejscowej rodziny włościańskiej. Zainicjował on budowę nowego, murowanego kościoła – nie szczędząc przy tym na ten cel swoich prywatnych funduszy. Kościół stanął w 1717 roku. Jego konsekracja miała miejsce 24 sierpnia 1740 roku.
Parafia w Jazowsku wchodziła początkowo w skład diecezji krakowskiej (dekanat sądecki). Od 1785 roku należy do dekanatu łąckiego diecezji tarnowskiej.