Opis obrazu Na obu niemal identycznych obrazach po prawej stronie ukazany został św. Franciszek z profilu, ubrany w tradycyjny zakonny habit. Dłonie duchownego zostały namalowane w bardzo charakterystyczny sposób: prawa dłoń przyłożona jest do piersi w geście posłuszeństwa, długie palce są szeroko rozłożone, a dwa zewnętrzne są wyraźnie rozchylone. Lewa dłoń ułożona jest w otwartym geście skierowanym do Jana. Na obu dłoniach widoczne są stygmatyMuzeum Prado..
Po lewej stronie stoi Jan. Jego sylwetka wyraźnie kontrastuje z wychudzoną twarzą Franciszka. Ma młodzieńczą twarzą wpisaną w trójkąt, odziany jest w wielki czerwony płaszcz, który przy zimnej palecie artysty jest jedyną gorącą plamą. W prawej dłoni Jan trzyma jeden ze swoich atrybutów – kielich z wystającym z niego wężem. Wyjaśnienie symbolicznego znaczenia pucharu można znaleźć w apokryficznych Dziejach Jana z II wieku oraz w Złotej legendzie Jakuba de Voragine. Według legendy Aristodemus, kapłan z pogańskiej świątyni Diany w Efezie, zmusił św. Jana do wypicia kielicha z trucizną. Apostoł, zanim wypił napój, uczynił znak krzyża, co uratowało mu życie. Kapłan, widząc cud, nawrócił się na chrześcijaństwo, a wąż i kielich odtąd symbolizują truciznę. Motyw kielicha występował u El Greca dość często.