W 1939 wraz z rodziną wrócił do Białobrzegów. Od młodości związany ze Stronnictwem Ludowym, w czasie okupacji współpracował ze Związkiem Walki Zbrojnej i Armią Krajową. W latach 1941–1945 zorganizował na terenie powiatu łańcuckiego Związek Tajnego Nauczania. Nawiązał kontakt z Rządem londyńskim. Pełnił funkcję Powiatowego Delegata Rządu w Przeworsku. Po powrocie do kraju Stanisława Mikołajczyka osobę Franciszka Młynka zaproponowano na stanowisko starosty przeworskiego. Pełnił tę funkcję przez dwa dni, jednak został pozbawiony urzędu przez komunistów.
W latach 1945–1948 pracował jako sekretarz Wydziału Powiatowego w Przeworsku. W 1948 otrzymał funkcję skarbnika w Powiatowym i Gminnym Komitecie Elektryfikacji w Przeworsku, gdzie pracował do 1949. W latach 1949–1953 i 1956-1957 był zatrudniony w Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Przeworsku, w latach 1954-1956 i 1957-1962 w przeworskiej PSS. Następnie w latach 1962-1963 był pracownikiem Okręgowego Zarządu Lasów w Przemyślu, a w latach 1963-1966 Cechu Rzemiosł Różnych w Przeworsku. Od maja 1966 do śmierci pracował w Powiatowym Archiwum w Przeworsku.