8 października tego samego roku Hiss wytoczył Chambersowi proces o zniesławienie, jednak przedstawione przez pozwanego dokumenty potwierdziły jego związki z komunistami. Ostatecznie nie wytoczono mu procesu o szpiegostwo, ale o krzywoprzysięstwo. Skazany w 1950 roku na pięć lat więzieniaW sierpniu 1948 Whittaker Chambers stawił się przed komisją senacką (badającą działalność antyamerykańską) i zeznał, że Alger Hiss był sowieckim szpiegiem. Przeprowadzone, na podstawie zeznań Chambersa, śledztwo federalne doprowadziło do oskarżenia Hissa o szpiegostwo na rzecz ZSRR. Proces w 1949 uwolnił Hissa od zarzutu szpiegostwa. Proces w 1950, po ujawnieniu przechowywanej przez Chambersa korespondencji Hissa, doprowadził do wyroku 5 lat więzienia dla Hissa za krzywoprzysięstwo, którego dopuścił się zeznając pod przysięgą w procesie o szpiegostwo, że nie był agentem ZSRR (Hiss nie mógł być zgodnie z prawem ponownie sądzony i skazany za szpiegostwo)., wyrok zaczął odbywać w marcu 1951 r. Odbył trzy lata i osiem miesięcy kary w więzieniu Lewisburg.
Zwolniony w 1954 roku, do końca życia pracował jako sprzedawca materiałów biurowych z powodu zakazu wykonywania zawodu prawnika.