W latach 2006–2008 Agius był wypożyczony do grającego w Serie C1 AC Martina (5 spotkań w Pucharze Włoch), a następnie do satelickiego klubu FC Igea Virtus Barcellona. Po powrocie do FC Messina podpisał czteroletnią umowę. Latem 2008 z powodu nieprawidłowości finansowych klub zdegradowano do Serie D, wkrótce po tym zarząd ogłosił jego bankructwo, wskutek czego jego kontrakt unieważniono. Postanowił on dołączyć ponownie do FC Igea Virtus, gdzie spędził sezon 2008/09, łącznie rozgrywając dla tego zespołu 61 meczów w Serie C2.
Latem 2009 roku Agius odszedł do SS Cassino, które zakontraktowało go na zasadzie współwłasności z Salernitana Calcio 1919. W styczniu 2010 roku wypożyczono go do AS Melfi, gdzie po pół roku podpisał dwuletnią umowę. Stąd został on wypożyczony do końca sezonu 2010/11 do zespołu mistrza Malty Birkirkara FC. 30 stycznia 2011 w debiucie przeciwko Vittoriosa Stars FC (1:0) zdobył on swoją pierwszą bramkę w Maltese Premier League. Latem 2011 roku zaliczył pierwszy mecz w europejskich pucharach w przegranym 0:1 spotkaniu z KF Vllaznia w kwalifikacjach Ligi Europy 2011/12. Po odejściu z Birkirkary odbył testy w rumuńskim CS Mioveni, jednak nie zaoferowano mu kontraktu. W sierpniu 2011 roku został zawodnikiem US Latina Calcio.