Wkrótce też doszło do otwartego konfliktu pomiędzy skupionym wokół niego obozem wojskowym, do którego przyłączyło się wielu daimyō wcześniej podległych rodowi Toyotomi (jak Kiyomasa Katō, Masanori Fukushima) a obozem biurokratów pod wodzą Mitsunariego Ishidy. Wojska obu stron starły się w 1600 w bitwie pod Sekigaharą zakończonej zwycięstwem Ieyasu i ustanowieniem w 1603 nowego siogunatu kontrolowanego przez ród Tokugawa.
Nieletni Hideyori Toyotomi pozostawał w izolacji w zamku Ōsaka, a dochody jego rodu ustalono na 657 400 koku ryżu. Ieyasu ustanowił stolicę administracyjną w Edo, skąd kontrolował poczynania podległych mu rodów, nad którymi roztoczył ścisłą kontrolę. Ten nowy reżim wywołał oburzenie wśród licznych daimyō, z których wielu nadal lub ponownie popierało (choć nie otwarcie) Hideyoriego.
Ieyasu Tokugawa postanowił jeszcze bardziej ograniczyć niezależność rodu Toyotomi, zmuszając Hideyoriego do małżeństwa z Senhime - córką swojego syna Hidetady Tokugawy, a zarazem kuzynkę Hideyoriego ze strony matki (Hideyori i Senhime mieli wspólną babkę O-Ichi, a ich matki Yodo-dono i O-Go były rodzonymi siostrami). W wyniku tego Ieyasu stał się dla Hideyoriego równocześnie wujkiem, ciotecznym dziadkiem i ojcem teściaTurnbull, s.