W czasie kampanii wrześniowej 1939 roku był dowódcą III Warszawskiego Baonu ON. 7 września 1939 roku walczył w obronie przedmościa „Pułtusk”, a później uczestniczył w walkach pod Stoczkiem i Żulinem. 18 września 1939 roku w godzinach popołudniowych na przełęczy jabłonkowskiej przekroczył granicę z Węgrami. 5 października 1939 roku opuścił Węgry, a dwa dni później dotarł do FrancjiS. Gustowski, Relacja ..., s. 16..
10 listopada 1939 roku w obozie Coëtquidan sporządził pisemną relację z udziału w kampanii wrześniowejStanisław Gustowski, Relacja z kampanii wrześniowej 1939 roku, Coëtquidan 10 listopada 1939 roku, Instytut Józefa Piłsudskiego w Ameryce, sygn. B.I.22D, s. 11-27.. W tym czasie był dowódcą II batalionu 2 pułku piechoty. W czasie kampanii francuskiej 1940 roku był oficerem sztabu 1 pułku Grenadierów Warszawy w stopniu majoraZygmunt Kosior, Bitwa pod Lagarde. Studium, Wydawnictwo Ministerstwa Obrony Narodowej, Warszawa 1965, s. 122.. Po dostaniu się do niewoli niemieckiej uciekł z obozu jeńców i przedarł się do Wielkiej Brytanii.