Wraz z przekazaniem Aschaffenburga mogunckiemu arcybiskupowi-elektorowi przez księcia Ottona (982 rok) również kolegiata przeszła pod zwierzchnictwo arcybiskupa Willigisa. Wraz ze wzrostem Aschaffenburga (prawa miejskie od 1161 roku) do rangi drugiej siedziby Elektoratu Moguncji, a następnie do rangi stolicy administracyjnej miasto związało się ściśle z kapitułą katedralną Moguncji. Proces ten następował w kilku fazach. Zwyczajem było, iż arcybiskupi Moguncji stawali się automatycznie proboszczami kolegiaty aschaffenburskiej.
Kościół kolegialny zyskiwał szybko na znaczeniu, jak można wnioskować z dokumentów dotyczących kolegialnego majątku, które wystawione zostały w 1184 roku przez papieża Lucjusza III. Kolegiata należała do największych właścicieli na terenie miasta, gdyż do niej należały liczne dobra ziemskie, winnice oraz młyny. W szczytowym punkcie rozwoju kolegiatę zamieszkiwało 28 kanoników oraz działało w przy niej 39 kurii. W roku 1304 doszło do buntu mieszczaństwa Aschaffenburga przeciwko swobodom kolegiaty.