Zmarł 24 czerwca 2013, w wieku 99 lat. Pogrzeb odbył się 27 czerwca na cmentarzu ewangelicko-reformowanym przy ul. Żytniej w Warszawie. Spoczął w grobowcu rodzinnym (kwatera S-3-5) śp. STANISŁAW ADOLF WERNER.
Życie prywatne Żona – Marta Jurowska-Wernerowa (1926–2012), uczestnik powstania warszawskiego, pseudonim „Przyjaciel” Zgrupowania „Żywiciel”, z wykształcenia chemik, pracownik Polskiego Radiahttp://www.podkowianskimagazyn.pl/nr63/radio.htm i Wydawnictwa Naukowo-Technicznego, autorka wielu książek popularnonaukowych z zakresu chemii (m.in. 500 zagadek chemicznych), przewodnicząca Diakonii Parafii Ewangelicko-Reformowanej w Warszawie. Honorowy Obywatel Gminy Brwinów (2012).
Publikacje Popularyzacja nauki Werner napisał kilka książek o łącznej liczbie kilkunastu wydań: 1964: 500 zagadek z fizyki. Warszawa: „Wiedza Powszechna”; wyd. 2: 1965; wyd. 3: 1967. 1966: Czy wiecie dlaczego?