Zaangażował się również w konspirację AK.
Po 1945 ze względu na swoje doświadczenie oraz istotną rolę w przedwojennym ruchu chłopskim, Krzaczyński wrócił do Wielkopolski, otrzymując posadę nauczyciela w szkole rolniczej we Wrześni, a także stanowisko komisarza akcji żywieniowej i siewnej na terenie powiatu wrzesińskiego. W 1946 wraz z innymi doświadczonymi działaczami rolniczymi powierzono mu zadanie zorganizowania Zarządu Centralnego Państwowych Nieruchomości Ziemskich. Ostatecznie został zastępcą dyrektora naczelnego PNZ odpowiedzialnym za produkcję rolną. Ze względu na pogarszający się stan zdrowia został ostatecznie zmuszony do zrezygnowania z tego stanowiska. Przeniesiono go na urząd dyrektora Zakładów Doświadczalnych PNZ. Po likwidacji tej instytucji wciąż zachował ścisłe kontakty z powstałym na jej miejsce Państwowym Gospodarstwem Rolnym. W 1954 Państwowe Wydawnictwo Rolnicze i Leśne wydało jego rozprawę „Mechaniczne dojenie krów”.
Zmarł w 1958 w Poznaniu i został pochowany na katolickim cmentarzu Jeżyckim (kw.L-13-40).
Życie prywatne Żoną Krzaczyńskiego była Zofia z Hurczynów herbu Kruposiej, córka Kazimierza i Heleny z Sienkiewiczów, właścicieli majątku Kazimierzowo pod Wilnem Genealogia Zofii z Hurczynów Krzaczyńskiej.