Mimo to, został odwołany 29 stycznia 1653 w związku z aferą Francesco Mascambruniego, który jako subdatariusz okazał się winny korupcji i wielu fałszerstw. Choć sam Farnese nie dopuścił się żadnego przestępstwa, a nawet należał do grona oskarżycieli subdatariusza, papież Innocenty X, chcąc ratować swój mocno nadwyrężony prestiż, zdecydował się na generalną czystkę na wyższych stanowiskach administracji miejskiej. Farnese powrócił wówczas na stanowisko sekretarza Kongregacji ds. Biskupów i Zakonników.
Po śmierci Innocentego X i wyborze nowego papieża Aleksandra VII, Farnese zaczął ponownie piąć się w górę w karierze kościelnej. 16 lipca 1655 został mianowany prefektem Pałacu Apostolskiego i gubernatorem Castel Gandolfo (obie funkcje sprawował do 29 kwietnia 1658). W 1657 był sekretarzem Kongregacji ds. Wizytacji Apostolskich, a także prałatem kilku innych kongregacji.