Na podstawie donosu jednego z agentów do Urzędu Bezpieczeństwa na prowadzoną przez niego działalność duszpasterską, 13 lutego 1950 został aresztowany. W więzieniu pogorszył się gwałtownie stan jego zdrowia. Starania o jego uwolnienie nie przyniosły rezultatu i dlatego obrońca mecenas dr Marian Podbiera złożył skargę na przetrzymywanie go w areszcie. Do rozprawy doszło 1 grudnia 1950, po której został on skazany na rok więzienia, a na poczet orzeczonej kary zaliczono okres tymczasowego aresztowania.
Bezpośrednio po rozprawie został zwolniony z aresztu i powrócił do swojej parafii, zostając 24 lutego 1952 jej proboszczem. Otoczył opieką duszpasterską i materialną rodziny, zwłaszcza wielodzietne oraz niepełne. W 1954 zorganizował przyparafialną poradnię małżeńską i rodzinną. Pomagał osobom uzależnionym od alkoholu. Na plebanii wydzielił specjalny pokój, zwany „kurnikiem”, w którym często nocowali alkoholicy. W 1968 wystąpił z inicjatywą utworzenia Pogotowia Miłości, parafialnego zespołu początkowo piętnastu osób, z których każda niosła pomoc materialną i duchową dziesięciu chorym lub biednym. Po latach w parafii rozpoczęło działalność hospicjum im. św. Jana Kantego, którego styl pracy nawiązywał do Pogotowia Miłości. Jednocześnie prowadził pracę duszpasterza, będąc spowiednikiem i kierownikiem duchowym wielu ludzi nauki, m.in.