Kiedy praca dla Universal zaczęła wiązać się z przenosinami do Kalifornii, Baggot, niechętny przeprowadzce, zdecydował się założyć własną wytwórnię. Działała ona od 1916 roku. Jednak udało mu się wyprodukować tylko jeden własny film - Absinthe, będący remake'm wcześniejszego filmu IMP.
Od 1921 do 1928 r. zajmował się reżyserią. Z czasem jego kariera załamała się - częściowo było to spowodowane pojawieniem się filmów dźwiękowych, a częściowo pogłębiającą się chorobą alkoholową aktora. W kolejnych latach grywał już wyłącznie jako statysta.
Zmarł 11 lipca 1948 r. w Hollywood.
Wybrana filmografia scenarzysta 1915: Crime's Triangle 1916: The Chance Market
reżyser 1912: The Lie 1916: The Chance Market 1921: Moonlight Foolies 1922: Kissed 1923: The Darling of New York 1925: The Home Marker 1925: Tumbleweeds 1927: The Notorious Lady
aktor 1909: The Awakening of Bess 1910: Pressed Roses 1911: The Brothers jako Patrick Curran 1911: King, the Detective 1912: Shamus O'Brien 1912: Dr. Jekyll and Mr.