Później zaczął pracować dla Vitagraph, gdzie, oprócz aktorstwa, podjął się również reżyserii.

5 lutego 1907, wraz z George’em K. Spoorem założył w Chicago wytwórnię Essanay Film Manufacturing Company. Celem powstania wytwórni było przede wszystkim kręcenie filmów o kowboju Broncho Billym, którego Anderson wymyślił podczas swojej pracy przy Napadzie na ekspres. Od 1909, kiedy to seria o Billym (w którego wcielał się sam Anderson) powstało w sumie 147 filmów o dzielnym kowboju. Od 1915 kolejny, krótki jednoszpulowy film o Broncho wychodził co dwa tygodnie. Wytwórnia Andersona produkowała też westerny komediowe w serii o Alkali Ike’u.

Finansami i bieżącą działalnością wytwórni Essanay zajmował się głównie Spoore. Anderson natomiast zajmował się aktorstwem i reżyserią oraz nadzorował pisanie scenariuszy. Kręcił początkowo w Golden, następnie w Los Angeles i Los Gatos. Ostatecznie w Niles w Kalifornii założył studio, gdzie odtąd powstawały plenery jego filmów.

Znany był z gorącego temperamentu – często pod wpływem emocji zwalniał pracowników, tylko po to, by przyjąć ich ponownie po kilku minutach.