Relacje z Wehrmachtem Pomiędzy niejako konkurującymi ze sobą Wehrmachtem a Waffen-SS niejednokrotnie dochodziło do napięć i wzajemnej niechęci. Z powodu odrębnej struktury dowodzenia i własnych służb łączności oddziały obu formacji przejawiały trudności w koordynacji współdziałania podczas wykonywania tych samych zadań. Ponadto kadrom dowódczym Waffen-SS zarzucano brak kompetencji podkreślając, że kariera w tej formacji opierała się bardziej na „zapale ideologicznym”, a nie umiejętnościach dowodzenia w polu. Niechęć dodatkowo potęgował fakt, że jednostki Waffen-SS często były faworyzowane przez Hitlera i decydentów w kwestii rozdysponowywania sprzętu i zasobów ludzkich.
W Waffen-SS wprowadzono również regularną posługę duszpasterską, a jej kapelani mieli status oficerów SS.
Zbrodnie thumb|SS-Brigadeführer Jürgen Stroop, dowodzący oddziałami Waffen-SS w trakcie tłumienia powstania w getcie warszawskim, 1943 r. thumb|SS-Gruppenführer Heinz Reinefarth (po lewej) znany też jako „Kat Woli”, 1944 r. thumb|SS-Oberführer Oskar Dirlewanger, dowódca złożonej głównie z amnestionowanych kryminalistów 36 Dywizji Grenadierów SS, odpowiedzialnej za wymordowanie ponad 60 tys.