Po zakończeniu działań wojennych znalazł się w Gdańsku, gdzie pełnił funkcję prorektora powołanej tam Akademii Medycznej. W 1948 uzyskał stopień doktora, od 1950 przez dziesięć lat był dyrektorem Departamentu Nauki i Szkolnictwa Wyższego w Ministerstwie Zdrowia. W 1951 był organizatorem, a następnie kierownikiem Katedry i Zakładu Radiologii Pediatrycznej w Akademii Medycznej w Warszawie i w Instytucie Pediatrii. W 1962 otrzymał tytuł profesora warszawskiej Akademii Medycznej. Zainicjował powstanie w 1964 Oddziału Onkologii Dziecięcej razem z Pracownią Rentgenoterapii zorganizowanej przy Katedrze Radiologii Pediatrycznej. W tym samym roku został członkiem Prezydium Polskiej Akademii Nauk w Instytucie Historii Nauki, a pięć lat później został członkiem rzeczywistym PAN, równocześnie został członkiem zagranicznym Akademii Nauk Medycznych ZSRR. Za swój wkład w rozwój rentgenologii Uniwersytet Poznański nadal profesorowi Ksaweremu Rowińskiemu tytuł doctor honoris causa.
Jego synem był lekarz transplantolog Wojciech Rowiński.
Zmarł w Warszawie, spoczywa na cmentarzu Komunalnym na Powązkach (kwatera 37C-5-1).