26 lutego 2012 roku po raz pierwszy usiadł na ławce rezerwowych podczas spotkania pierwszego zespołu, który wygrał wówczas 2:0 z FC Schalke 04. Na debiut czekał do 12 sierpnia 2012 roku, gdy wyszedł w podstawowym składzie na wygrane 2:1 spotkanie Superpucharu Niemiec z Borussią Dortmund. 13 kwietnia 2013 roku zadebiutował w rozgrywkach Bundesligi, wychodząc w podstawowym składzie na wygrany 4:0 mecz z 1. FC Nürnberg. Dwa tygodnie później podczas wygranego 1:0 spotkania z SC Freiburg zdobył swoją premierową bramkę dla pierwszej drużyny, pokonując w 35. minucie Olivera Baumanna. Ostatecznie Bayern zakończył rozgrywki ligowe na pierwszym miejscu, zdobywając przy okazji puchar i superpuchar kraju oraz zwyciężając w rozgrywkach Ligi Mistrzów. Sam Can wystąpił ogólnie w 17 meczach, w których zdobył 1 gola.