Relacje z papieżem Klemensem VIII Relacje kardynała Farnese z nowym (od 1592) papieżem Klemensem VIII (1592-1605) i jego bratankami początkowo nie układały się dobrze. Sytuacja zmieniła się dopiero w 1598, gdy kardynał Pietro Aldobrandini, bratanek Klemensa VIII, wysunął propozycję aliansu matrymonialnego poprzez małżeństwo księcia Parmy i Piacenzy Ranuccio I Farnese (1569–1622) z prasiostrzenicą papieża Małgorzatą Aldobrandini (1588–1646). Kardynałowi Aldobrandiniemu zależało na spowinowaceniu z którymś z rodów książęcych Italii i zabezpieczeniu w ten sposób fortuny rodowej po śmierci Klemensa VIII. Ranuccio i Odoardo uważali Aldobrandinich za parweniuszy, jednak okoliczności polityczne zmusiły ich do poważnego potraktowania propozycji. Ich księstwo, z prawnego punktu widzenia, było bowiem lennem Stolicy Apostolskiej, a skuteczne odebranie przez Klemensa VIII księstwa Ferrary rodowi d’Este na przełomie 1597/98 zrobiło na nich duże wrażenie. Do ślubu doszło 7 maja 1600 w Rzymie, a udzielił go sam papież Klemens VIII. W tym samym roku kardynał Odoardo Farnese został mianowany gubernatorem Vetralla oraz legatem apostolskim w Viterbo, które to funkcje, dające mu władzę administracyjną w prawie całym regionie Lacjum, sprawował aż do śmierci.