Od 1990 pełnił obowiązki duszpasterskie jako proboszcz garnizonu Chełmno.
1 lipca 1992 został skierowany do garnizonu Wałcz, gdzie został proboszczem Parafii Wojskowej pw. św. Franciszka z Asyżu, erygowanej 21 stycznia 1993. Rónocześnie został mianowany pierwszym kapelanem w powojennej historii Garnizonu Wałcz. Pierwsze Msze Święte początkowo odprawiał w pomieszczeniach szkoleniowych pułku zmechanizowanego, a następnie aż do 1996 w 2 zestawionych razem namiotach technicznych. Zaangażowanie ks. Franciszka Kędziory doprowadziło do wzniesienia Kościoła garnizonowego pw. św. Franciszka z Asyżu.
W grudniu 1996 odprawił pierwszą Mszę. 14 czerwca 1995 ksiądz ppłk Kędziora został inkardynowany do Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego. 1 września 1997 ze względu na wiek przeszedł do rezerwy. Mimo to, dalej społecznie pełnił społecznie funkcję kapelana 107 Szpitala Wojskowego w Wałczu aż do 2002.