Rok po tym, jak NASL przestało istnieć, taki sam los spotkał Cosmos.

Po rozwiązaniu dorosłej drużyny, jej ostatni główny menadżer Peppe Pinton kontynuował prowadzenie klubowych obozów dla młodzieży, które po raz pierwszy zorganizowano w 1977.. W czasach rozwoju MLS w latach dziewięćdziesiątych i dwutysięcznych różne zespoły z Nowego Jorku pytały o możliwość odkupienia praw do nazwy, herbu i barw. Zaawansowane rozmowy prowadziła ekipa MetroStars przed tym, jak w 2006 roku przyjęła nazwę New York Red Bulls.

Pinton był niechętny ku sprzedaży praw do nazwy zespołom grającym w MLS, wierząc w to, że władze ligi nie szanują historii i dziedzictwa Cosmos. W sierpniu 2009 roku Daily Mail poinformował o tym, że prawa do nazwy, herbu i tradycji Cosmosu nabył angielski deweloper Paul Kemsley, byłego wiceprezesa Tottenham Hotspur.