Kilka miesięcy wcześniej, 15 stycznia 1811, Kongres, na tajnym posiedzeniu, upoważnił prezydenta do zajęcia Florydy Wschodniej, w przypadku, gdyby inne państwo zagroziło przejęciem tego terytorium. W celu przejęcia Florydy, Madison mianował generała George’a Mathewsa pełnomocnikiem ds. Florydy. Ze względu na samowolne działanie został zwolniony, jednak w kwietniu i maju 1812 roku, Kongres podjął uchwałę o przyłączeniu części Florydy Zachodniej do Stanów Zjednoczonych. Proklamację przyłączenia nowego stanu podpisał prezydent dopiero 27 października 1819. W tym samym czasie, napięta sytuacja panowała w stanie Indiana, gdzie gubernator William Henry Harrison obawiał się ataków Indian, zjednoczonych pod wodzą Tecumseha. 7 listopada Harrison zaatakował plemię Szaunisów i odniósł zwycięstwo w bitwie pod Tippecanoe.
W wyborach prezydenckich w 1812 Madison ponownie kandydował na najwyższy urząd. Jego kontrkandydatem był DeWitt Clinton. W głosowaniu Kolegium Elektorów uzyskał 128 głosów, wobec 89 głosów Clintona. Wiceprezydentem w drugim gabinecie Madisona został Elbridge Gerry. Wybory odbywały się w czasie wojny, podczas której nastroje społeczne zwłaszcza w regionie Nowej Anglii były tak antywojenne, że groziły nawet secesją.