Właściwym twórcą tej Kongregacji był dopiero papież Klemens IX (1667–1669), który wpierw w 1667 odnowił Kongregację ds. Odpustów, a 6 lipca 1669 rozszerzył jej zakres działania i przekształcił ją w stałą kongregację o nazwie Święta Kongregacja ds. Odpustów i Świętych RelikwiiPastor, vol. XXXI, s. 339; Moroni, vol. XVI, s. 217.. Na początku lat 80. XVII wieku jej działalność w zasadzie ustała, ale nie została formalnie zlikwidowana, zaś na początku XVIII wieku nowy impuls nadał jej papież Klemens XI. Kongregacja ta istniała do 28 stycznia 1904, gdy papież Pius X zlikwidował ją i przekazał jej kompetencje Kongregacji ds. ObrzędówMartin, s. 15..
Lista prefektów Marzio Ginetti (1667–1671) Francesco Maria Brancaccio (1671–1675) Camillo Massimi (1675–1677) Luigi Omodei (1677–1685) wakat (1685–1704) Giovanni Maria Gabrielli (1704–1711) Tommaso Maria Ferrari (1711–1712?) Ludovico Pico della Mirandola (1712?–1743) Raffaele Cosimo De Girolami (1743–1748) Joaquín Fernández de Portocarrero (1748–1760) Nicolò Maria Antonelli (1760–1767) Ludovico Calini (1767–1782) wakat (1782–1801) Diego Innico Caracciolo (1801–1818) Giorgio Doria Pamphili (1818–1826) Antonio Maria Frosini (1826–1834) Luigi Del Drago (1834) Castruccio Castracane degli Antelminelli (1834–1843) Gabriele Ferretti (1843–1846) Charles Acton (1846–1847)