Po jego śmierci w 1598 nowym prefektem dla obu kongregacji został kardynał Alessandro Ottaviano de Medici, który w 1605 został papieżem Leonem XI (zm. 1605).
Zadaniem tej kongregacji, jak wskazywała jej nazwa, było prowadzenie konsultacji w sprawach bieżących z biskupami, zakonnikami i innymi prałatami, a także rozstrzyganie sporów między nimi, z wyłączeniem jednak spraw zastrzeżonych dla innych kongregacji, w szczególności Kongregacji ds. Soboru Trydenckiego. Początkowo miała bardzo szerokie kompetencje w zakresie egzekwowania zakonnej dyscypliny, jednak w 1698 papież Innocenty XII utworzył odrębną Kongregację ds. Dyscypliny Zakonnej. Sprawy te powróciły do kompetencji Kongregacji ds. Biskupów i Zakonników w 1906, gdy rozwiązaniu uległa Kongregacja ds. Dyscypliny Zakonnej.
Kongregacja ds. Biskupów i Zakonników należała do najliczniej obsadzanych kongregacji Kurii Rzymskiej. W XVII i XVIII wieku zasiadało w niej jednocześnie po ok. 30–40 kardynałów. Kongregacja miała też swojego sekretarza, którym był jeden z niższych rangą prałatów.
Kongregacja istniała do roku 1908, kiedy Pius X rozwiązał ją i podzielił jej kompetencje. Sprawy dotyczące zakonników przekazane zostały nowej Kongregacji ds. Zakonów, natomiast dotyczące biskupów przekazano Kongregacji KonsystorialnejMartin, s. 32, 54..