7 sierpnia 2014 podpisał nowy pięcioletni kontrakt z The Toffees do 2019 roku. 5 października doznał kontuzji kostki w meczu z Manchesterem United, eliminując go z gry na około 10-14 tygodni. Pomimo kontuzji, Stones znalazł się w gronie nominowanych do nagrody Golden Boy 2014, wraz z innym skrzydłowym Evertonu Gerardem Deulofeu.
Manchester City 9 sierpnia 2016 Manchester City wykupił Stonesa za 47,5 miliona funtów w ramach sześcioletniej umowy, co uczyniło go drugim najdroższym obrońcą w historii piłki nożnej, za Davidem Luizem. Stones zadebiutował w City cztery dni później, gdy rozpoczęli nowy sezon, wygrywając 2:1 u siebie z Sunderlandem. 6 stycznia 2017 roku zdobył swoją pierwszą bramkę dla Obywateli, w wygranym 5:0 spotkaniu z West Ham United na stadionie London Stadium w trzeciej rundzie Pucharu Anglii. 21 lutego ponownie wpisał się na listę strzelców, w wygranym 5-3 meczu z AS Monako w 1/16 Ligi Mistrzów.
28 kwietnia 2026 roku ogłosił, że po zakończeniu sezonu 2025/26 opuści Manchester City po dziesięciu latach spędzonych w klubie.
Inter Mediolan 30 lipca 2026 roku podpisał dwuletnią umowę z Interem Mediolan.