Ważnymi ośrodkami sprzyjającymi rozwojowi szkoły naddunajskiej były także klasztory, głównie w Zwettl, Sankt Florian, Melku czy Klosterneuburgu.
Malarstwo szkoły naddunajskiej charakteryzuje się przede wszystkim wnikliwą obserwacją natury oraz traktowaniem człowieka jako integralnej części przyrody. Krajobraz charakteryzuje się nowożytnym zmysłem obserwacji, wyczuciem perspektywy, światła i przestrzeni oraz swoistą ekspresją i nastrojem. Pejzaż jest najczęściej fikcyjny, jednakże jego składniki są efektem wnikliwej obserwacji natury oraz studyjnych szkiców, rysunków poszczególnych detali.
Szkoła naddunajska stanowi kluczowe ogniwo w kształtowaniu się autonomicznego malarstwa pejzażowego, jednakże wciąż przeważa tematyka tradycyjna, typowa dla późnego gotyku i wczesnego renesansu. W krajobrazową scenerię wpisywano nie tylko wątki biblijne (np. Święty Hieronim, Ukrzyżowanie i Odpoczynek w czasie ucieczki do Egiptu Lucasa Cranacha Starszego, Modlitwa św. Bernarda i Ołtarz z Aggsbach Jorga Breu, Ołtarz Św. Floriana Albrechta Altdorfera), wizerunki i portrety (Portrety dr Johannesa i Anny Cuspinianów Lucasa Cranacha Starszego), lecz także kształtujące się wówczas wątki historyczne (Bitwa Aleksandra Wielkiego Albrechta Altdorfera) i rodzajowe (Pejzaż z drwalem Altdorfera, Polowanie na dzika Ruelanda Frueaufa Starszego).